Produktbild: Bioinformatics in Aquaculture

Bioinformatics in Aquaculture Principles and Methods

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Beschreibung

Produktdetails

Einband

Gebundene Ausgabe

Erscheinungsdatum

17.04.2017

Herausgeber

Zhanjiang (John) Liu

Verlag

John Wiley & Sons Inc

Seitenzahl

606

Maße (L/B/H)

24.6/17.5/3 cm

Gewicht

1293 g

Auflage

1. Auflage

Sprache

Englisch

ISBN

978-1-118-78235-4

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Einband

Gebundene Ausgabe

Erscheinungsdatum

17.04.2017

Herausgeber

Zhanjiang (John) Liu

Verlag

John Wiley & Sons Inc

Seitenzahl

606

Maße (L/B/H)

24.6/17.5/3 cm

Gewicht

1293 g

Auflage

1. Auflage

Sprache

Englisch

ISBN

978-1-118-78235-4

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  • Produktbild: Bioinformatics in Aquaculture
  • About the Editor xxiii
     
    List of Contributors xxv
     
    Preface xxxi
     
    Part I Bioinformatics Analysis of Genomic Sequences 1
     
    1 Introduction to Linux and Command Line Tools for Bioinformatics 3
    Shikai Liu and Zhanjiang Liu
     
    2 Determining Sequence Identities: BLAST, Phylogenetic Analysis, and Syntenic Analyses 30
    Sen Gao, Zihao Yuan, Ning Li, Jiaren Zhang and Zhanjiang Liu
     
    3 Next-Generation Sequencing Technologies and the Assembly of Short Reads into Reference Genome Sequences 43
    Ning Li, Xiaozhu Wang and Zhanjiang Liu
     
    4 Genome Annotation: Determination of the Coding Potential of the Genome 74
    Ruijia Wang, Lisui Bao, Shikai Liu and Zhanjiang Liu
     
    5 Analysis of Repetitive Elements in the Genome 86
    Lisui Bao and Zhanjiang Liu
     
    6 Analysis of Duplicated Genes andMulti-Gene Families 98
    Ruijia Wang and Zhanjiang Liu
     
    7 Dealing with Complex Polyploidy Genomes: Considerations for Assembly and Annotation of the Common Carp Genome 110
    Peng Xu, Jiongtang Li and Xiaowen Sun
     
    Part II Bioinformatics Analysis of Transcriptomic Sequences 123
     
    8 Assembly of RNA-Seq Short Reads into Transcriptome Sequences 125
    Jun Yao, Chen Jiang, Chao Li, Qifan Zeng and Zhanjiang Liu
     
    9 Analysis of Differentially Expressed Genes and Co-expressed Genes Using RNA-Seq Datasets 135
    Chao Li, Qifan Zeng, Chen Jiang, Jun Yao and Zhanjiang Liu
     
    10 Gene Ontology, Enrichment Analysis, and Pathway Analysis 150
    Tao Zhou, Jun Yao and Zhanjiang Liu
     
    11 Genetic Analysis Using RNA-Seq: Bulk Segregant RNA-Seq 169
    Jun Yao, RuijiaWang and Zhanjiang Liu
     
    12 Analysis of Long Non-coding RNAs 179
    Ruijia Wang, Lisui Bao, Shikai Liu and Zhanjiang Liu
     
    13 Analysis of MicroRNAs and Their Target Genes 200
    Shikai Liu and Zhanjiang Liu
     
    14 Analysis of Allele-Specific Expression 228
    Yun Li, Ailu Chen and Zhanjiang Liu
     
    15 Bioinformatics Analysis of Epigenetics 247
    Yanghua He and Jiuzhou Song
     
    Part III Bioinformatics Mining and Genetic Analysis of DNA Markers 275
     
    16 Bioinformatics Mining of Microsatellite Markers from Genomic and Transcriptomic Sequences 277
    Shaolin Wang, Yanliang Jiang and Zhanjiang Liu
     
    17 SNP Identification from Next-Generation Sequencing Datasets 288
    Qifan Zeng, Luyang Sun, Qiang Fu, Shikai Liu and Zhanjiang Liu
     
    18 SNP Array Development, Genotyping, Data Analysis, and Applications 308
    Shikai Liu, Qifan Zeng, Xiaozhu Wang and Zhanjiang Liu
     
    19 Genotyping by Sequencing and Data Analysis: RAD and 2b-RAD Sequencing 338
    Shi Wang, Jia Lv, Jinzhuang Dou, Qianyun Lu, Lingling Zhang and Zhenmin Bao
     
    20 Bioinformatics Considerations and Approaches for High-Density Linkage Mapping in Aquaculture 356
    Yun Li, Shikai Liu, Ruijia Wang, Zhenkui Qin and Zhanjiang Liu
     
    21 Genomic Selection in Aquaculture Breeding Programs 380
    Mehar S. Khatkar
     
    22 Quantitative Trait Locus Mapping in Aquaculture Species: Principles and Practice 392
    Alejandro P. Gutierrez and Ross D. Houston
     
    23 Genome-wide Association Studies of Performance Traits 415
    Xin Geng, Degui Zhi and Zhanjiang Liu
     
    24 Gene Set Analysis of SNP Data from Genome-wide Association Studies 434
    Shikai Liu, Peng Zeng and Zhanjiang Liu
     
    Part IV Comparative Genome Analysis 461
     
    25 Comparative Genomics Using CoGe, Hook, Line, and Sinker 463
    Blake Joyce, Asher Baltzell, Matt Bomhoff and Eric Lyons
     
    26 NCBI Resources Useful for Informatics Issues in Aquaculture 491
    Zihao Yuan, Yujia Yang, Shikai Liu and Zhanjiang Liu
     
    27 Resources and Bioinformatics Tools in Ensembl 508
    Yulin Jin, Suxu Tan, Jun Yao and Zhanjiang Liu
     
    28 iAnimal: Cyberinfrastructure to Support Data-drive